Nowoczesny system TMS, którego główną rolą jest efektywne zarządzanie procesami spedycyjnymi i transportowymi, powinien być wyposażony w mechanizmy pozwalające na zarządzanie wydatkami związanymi z tymi procesami. System TMS oferowany przez firmę COMP-WIN pozwala na elastyczne zarządzanie kosztami ewidencjonowanych zleceń.

Mechanizmy cenników kosztowych i tzw. kontraktów pozwalają automatyzować czynności związane z oszacowaniem kosztów poszczególnych zleceń transportowych, podczas ich wprowadzania do systemu. W zależności od typu zlecenia, wybranego przewoźnika, rodzaju transportu etc. system podpowiada adekwatne stawki cenowe dla poszczególnych usług związanych ze zlecanymi przewozami. Interfejsem użytkownika jest przeglądarka stron internetowych, dzięki której nie tylko można zarządzać spedycją i transportem wewnątrz firmy, ale poprzez zastosowanie modułu extranetowego, można go udostępnić przewoźnikom, z którymi firma współpracuje.